Dibangun pada tahun 2018, Laboratorium Kimia SMK Muhammadiyah 2 Gresik berfungsi sebagai tempat praktikum siswa pada jurusan Teknik Kimia Industri. Siswa bisa belajar dengan menggunakan alat praktik yang tersedia.
Pada tahun 2019, sekolah pernah mendapatkan bantuan dari pemerintah berupa peralatan praktik. Selain itu, sekolah juga pernah mendapatkan bantuan dari PT. PKP Petrokimia Gresik berupa alat dan bahan praktik.
Dari Laboratorium inilah, lahir berbagai macam inovasi produk yang diciptakan oleh para siswa. Diantaranya pernah memenangkan beberapa perlombaan Karya Tulis Ilmiah Tingkat kabupaten amaupun Provinsi.